Sterilisatie in een cleanroom betekent het doden of verwijderen van alle micro-organismen (inclusief bacteriën, virussen, enz.) in een stof, wat van absoluut belang is.Met andere woorden, overeenkomend met sterilisatie is niet-sterilisatie, en er is geen tussentoestand van meer sterilisatie en minder sterilisatie.Vanuit dit gezichtspunt bestaat absolute sterilisatie vrijwel niet, omdat deze moeilijk te bereiken is of een oneindige tijd bereikt.
Veelgebruikte sterilisatiemethoden omvatten voornamelijk: droogsterilisatie bij hoge temperatuur, hogedrukstoomsterilisatie, gassterilisatie, filtersterilisatie, stralingssterilisatie enzovoort.